《扬州大学学报(高教研究版)》编辑部是在原江苏农学院、扬州师范学院、扬州工学院、江苏商业专科学校等高校学报编辑部的基础上，于1997年扬州大学合并办学5周年之际成立。1997年创刊《扬州大学学报(人文社会科学版)》（双月刊）、《扬州大学学报(高教研究版)》（季刊），2004年改为双月刊；1998年创刊《扬州大学学报(自然科学版)》（季刊）；1999年将《江苏农学院学报》更名为《江苏农业研究》；2002年将《江苏农业研究》更名为《扬州大学学报(农业与生命科学版)》（季刊）。

《扬州大学学报(高教研究版)》（双月刊）创刊于1997年，是综合性高等教育研究刊物，坚持理论联系实际研究和探索高等教育改革与发展的各类问题，既发表高等教育改革与发展的理论性研究论文，也刊登具有普遍指导意义的高校教育教学改革的实践经验，内容覆盖了高等教育的方方面面。本刊特别关注教育热点，反映前沿学术动态。《高校文科学术文摘》、中国人大复印资料中心、《教育文摘周报》、《新华文摘》等都不同程度地转载、摘引本刊所发论文。本刊为江苏省期刊方阵优秀期刊、第二届全国优秀社科学报。